Tout d'abord il faut savoir que l'agarose détient des groupements appelés hydrophobes sous la forme du radical -CH-OH. Les groupements hydrophiles sont, eux, plus nombreux.

On dit alors que la molécule d'agar-agar est amphipolaire car elle renferme à la fois des groupes hydrophiles et hydrophobes.
L'oxygène étant placé dans la 16ème colonne et la IIème ligne de la classification périodique, les atomes d'oxygène constituant l'agarose sont fortement électronégatif. Le carbones et l'hydrogène, eux, sont placés plus à gauche du tableau périodique entraînant une faible électronégativité des autres atomes de l'agarose. Cette différence d'électronégativité entraîne alors, une polarité de la molécule d'agarose.
Elles possèdent des liaisons C― O, O ― H, qui sont polarisées.

On appelle  « pelote statique », les chaînes de molécules d’agarose entremêlées qui ne sont pas solubilisés. 
Puisque l'agarose est une molécule polarisée,  sa solubilité avec la molécule d’eau (H2O), elle aussi polaire, et facilitée. L'établissement des liaisons hydrogènes entre ces molécules est donc possible.

Dès la mise en solution de l'agar-agar avec l'eau, les molécules d'agarose s'hydratent, gonflent, et se séparent, on dit qu'elles s'individualisent.
Quand la macromolécule d’agarose se déplie, elle met en évidence deux différentes zones : hydrophobes et hydrophiles. Tournés vers l’extérieur de celles-ci., les groupements hydrophiles sont placés le long des chaînes des molécules d’agarose. Les groupements hydrophobes sont tournés vers l’intérieur des molécules puisqu'ils sont souvent situés sur l'anhydrogalactose (petites molécules sous la forme de Cn(H2O)n ).  Les groupes hydrophobes s'accouplent avec d'autres paires en se plaçant parallèlement à celles ci, afin de fuir l’eau.

Contenant de multiples liaisons ―O ― H, la molécule d'agarose est très électronégative (donc polaire). Puisqu'elle possède un doublet non liant, elle peut ainsi établir des liaisons hydrogène avec d’autres molécules d’agaroses. Ces liaisons hydrogènes sont de plus en plus nombreuses au cours de la gélification, et les groupements hydrophobes arrivent au fur et à mesure à chasser complètement l'eau.La formation de ces liaisons entraîne des zones de réunion, appelé « zone de jonction ». Ces jonctions façonnent donc un réseau tridimensionnel qui va emprisonner l'eau entre ses mailles et donc la figer. Le gel est donc formé.

Cette texture formée à partir de liaisons électromagnétiques, (et non covalente), est donc visqueuse, voir gelée.