Des adaptations de la série de light novel sont publiés dans le magazine Dengeki Bunko Magazine. Le premier arc, Aincrad, est dessiné par Tamako Nakamura entre août 2010 et avril 2012 avant d'être compilé en un total de deux volumes. Le deuxième arc, Fairy Dance, est dessiné par Hazuki Tsubasa entre avril 2012 et avril 2014 et a été compilé en un total de trois volumes. Le troisième arc, Phantom Bullet, est dessiné par Kōtarō Yamada depuis avril 2014. Le quatrième arc, Sword Art Online: Calibur, est dessinée par Shii Kiya depuis le numéro de septembre 2014 du Dengeki G's Comic. Le cinquième arc, Mother's Rosario, est dessinée par Hazuki Tsubasa depuis juin 2014. La série dérivée Sword Art Online: Progressive est également adaptée en manga depuis le 29 juin 2013 dans le magazine Dengeki G, avant d'être transférée en mai 2014 dans le magazine Dengeki G's Comic.

Une série humoristique au format yonkoma, nommée Sword Art Online 4koma et dessinée par Jūsei Minami, est publiée depuis septembre 2010. Une deuxième série dérivée nommée Sword Art Online Girls Ops et dessinée par Neko Nekobyō est publiée depuis le 10 juin 2013 dans le magazine Dengeki Bunko Magazine.

La version française est éditée par Ototo, qui publie l'arc Aincrad à partir de novembre 2014, l'arc Fairy Dance à partir de février 2015 et l'arc Progressive à partir de juin 2015. En Amérique du Nord, Yen Press publie le manga Aincrad depuis mars 2014.