Sa thèse sur la circulation du sang fera aussi longtemps autorité. Pour lui, le sang se forme en continu dans le foie après digestion des aliments et est consommé en périphérie. Par la veine cave inférieure, le sang arrive à l’oreillette droite puis au ventricule droit, à partir de là une partie traverse la paroi inter-ventriculaire grâce aux « pores » (en réalité inexistant) de la paroi, l’autre partie sort du ventricule droit par l’artère pulmonaire et va au poumon où il est consommé, l’air inspiré, transformé part par les veines pulmonaires vers l’oreillette gauche, de là il passe dans le ventricule gauche et se mélange avec le sang qui arrive du ventricule droit à travers la cloison interventriculaire. Le mélange sort par l’aorte et fait une sorte de mouvement alternatif entre le coeur et la périphérie où il est en partie consommé ! Les artères contiennent du sang et non de l'air. Le sang artériel chargé des esprits vitaux subit un mouvement rythmé qui correspond au pouls dont la description est très imagée. Les esprits vitaux qui pénètrent le cerveau deviennent des esprits animaux (de “anima“). Dans le domaine de la physiologie, il établit sa théorie du flux et du reflux, le sang veineux avait son origine dans le foie et je sang artériel dans le coeur.